イスラム寺院風のドームが目印。「クイーン」の愛称で親しまれる塔は高さ51mで、横浜三塔のなかで一番の高さを誇る。現在の庁舎は昭和9年（1934年）に竣工した3代目。1階の税関資料展示室「クイーンのひろば」では、横浜税関の歴史や役割、ホンモノ・ニセモノコーナー、ワシントン条約コーナー、密輸の手口など盛りだくさん。入口のカスタム君（税関イメージキャラクター）が目印。