開創は白雉3年(652)、明光比丘尼が庵を建てたのが始まりとされています。
大同3年(808)、弁通和尚が住職し天台宗福昌山明光寺と称して、以後474年に渡り天台宗寺院として伝承されました。
弘安5年(1282)年9月17日、身延山より湯治のため常陸国加倉井(水戸市加倉井町)を目指された日蓮大聖人が、10日を経て瀬谷の地に着かれ明光寺に立ち寄られ御宿泊されました。
時の住職文教阿闍梨は、日蓮大聖人による一夜の教化を受けられ改宗し寺名を蓮昌山妙光寺と改称。
正中2年(1325)鎌倉幕府の宗旨お改めにより、池上本門寺客末となり今日に至ります。
瀬谷八福神 大黒尊天をお祀りしています。
梵鐘（鎌倉時代）は、県重要文化財に指定されています。